Op 30 oktober 1999 werd hij in de Utrechtse kathedraal gewijd tot priester. Naast zijn loopbaan als geestelijk verzorger in het Amsterdamse BovenIJ-ziekenhuis en een daaraan voorafgaande periode van pastoraal werk in de Noordoostpolder en in Amersfoort, volgde hij -in Friesland geboren en getogen- het spoor terug van Bonifatius en Willibrord om uiteindelijk in Utrecht terecht te komen, vijf jaar geleden als assisterend pastor van ‘In de Driehoek’.
Voornamelijk heeft hij naast het dienstwerk de oecumenische contacten onderhouden en de parochie in dat verband verder op de kaart gezet binnen de Stedelijke Raad van Kerken (waar hij participeert in het DB), het Kleine kerken overleg in de Binnenstad en zo verder. Binnen de parochie is hij berokken bij de kinderkerk en het geloofsonderricht aan de jongeren. Landelijk neemt hij als verkozen vertegenwoordiger deel aan het Collegiaal Bestuur van onze kerk en ondersteunt hij de aartsbisschop met voorbereidende liturgische werkzaamheden.
Op 1 november staat de Utrechtse parochie stil bij zijn tweede lustrum.
Pastor Scheltinga gaat vertrekken uit de Utrechtse parochie
Het Collegiaal Bestuur van onze kerk heeft ingestemd met het voorstel van beide bisschoppen om onze assisterend-pastor Rudolf Scheltinga als assisterend-pastor in de parochie van Egmond aan Zee aan te stellen.
Deze aanstelling zal per 2 november aanstaande ingaan en aanvankelijk 30% van de werktijd omvatten, om in het voorjaar van 2010 tot 100% te worden uitgebreid. In de zomer van 2010 zal hij dan geïnstalleerd worden als pastoor van Egmond.